I ‘Elio’ følger vi den 11-årige drømmer Elio, der har svært ved at passe ind. Hans mor Olga arbejder på et tophemmeligt militærprojekt, hvor hun prøver at afkode et mærkeligt signal fra det ydre rum.

Pludselig bliver Elio beamet ud i rummet og ender med at blive forvekslet som værende en intergalaktisk ambassadør for Jorden.